Máximo responsable de la ejecución de la política científica, económica y administrativa del Instituto. Realiza además las veces de Dirección Científica.
La Dirección General de ISABIAL es elegida y nombrada por el Consejo/Patronato de la Fundación ISABIAL y tiene las competencias en los ámbitos científico y administrativo de la actividad del Instituto, organizadas a través de las Áreas de Gestión, los Grupos de Investigación y los servicios científicos-técnicos ofrecidos.