Máximo responsable de la ejecución de la política científica, económica y administrativa del Instituto. Realiza además las veces de Dirección Científica.
La Dirección General de ISABIAL es elegida y nombrada por el Consejo/Patronato de la Fundación ISABIAL y tiene las competencias en los ámbitos científico y administrativo de la actividad del Instituto, organizadas a través de las Áreas de Gestión, los Grupos de Investigación y los servicios científicos-técnicos ofrecidos.
DIRECTOR CIENTÍFICO ISABIAL
Dr. José Sánchez

SUBDIRECCIÓN CIENTÍFICA ISABIAL
Dra. Cristina Alenda

SUBDIRECCIÓN CIENTÍFICA PARA PLATAFORMAS
Dr. Juan Carlos Rodríguez

SUBDIRECCIÓN CIENTÍFICA PARA PROYECTOS
Dr. Enrique de Madaria

SUBDIRECCIÓN CIENTÍFICA PARA INNOVACIÓN, CALIDAD, FORMACIÓN Y SIMULACIÓN
Dr. Óscar Moreno

