UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA Esta plataforma, siempre en desarrollo, aporta a los investigadores un apoyo y/o asesoramiento en técnicas avanzadas en big data y métodos actualizados de biología computacional a escala masiva. Esto permite el impulso de los estudios, tanto básicos como clínicos, analizando e interpretando los datos obtenidos mediante técnicas experimentales de alto rendimiento
Servicios
- Diseño experimental. Asesoramiento para el diseño del estudio y la planificación metodológica.
- Apoyo en redacción de documentos. Parte bioinformática de memorias, artículos científicos, comunicaciones a congresos y/o solicitud de ayudas.
- Análisis de datos. Procesamiento bioinformático de los datos obtenidos en diversas plataformas.
- Big data. Manejo, explotación y representación de información relevante de bases de datos, bibliotecas o archivos de grandes dimensiones.
- Bases de datos. Diseño, creación y administración de bases de datos (Access, SQL o NoSQL) adaptadas.
- Pipelines bioinformáticas. RNA-seq (single cell, micro, total, ribosómico o nuclear), ChIP-seq, ATAC-seq…
- Repositorios públicos. Subida de datos a repositorios públicos (p.ej. GEO y SRA)
- Interpretación de los resultados.
- Apoyo en REDCap. Creación y/o diseño de los proyectos, así como la explotación de los datos recolectados.
- Formación personalizada.
- Posibilidad de desarrollo de aplicaciones informáticas personalizadas.
Dichos servicios se irán ampliando conforme a las necesidades que surjan.
Servidores
- DellEMC PowerEdge R440 con procesador Intel Silver 4214 2.2GHz de 24 cores, una memoria RAM de 512 GB 2933MT/s y un sistema operativo CentOS Stream release 8
- Dell Poweredge R740xd con procesador Procesadores Intel Gold 6240Y con 2,6GHz de 72 hilos, memoria RAM de 1TB 2933MT/s y un sistema operativo Ubuntu 20.04.5 LTS
Formulario solicitud
El procedimiento para solicitar apoyo a la plataforma de bioinformática es:
- Reunión para poner en común y clarificar en profundidad el problema o análisis correspondiente.
- Preparación y entrega de los datos a la unidad.
- Rellenar el formulario.
- Realización del análisis y reuniones para aclarar dudas.
- Entrega de resultados en los formatos pertinentes.
Tarifas
| Tipo de muestra | Tarifa A | Tarifa B | Tarifa C |
|---|---|---|---|
| Alícuota suero | 0,0€ | 4,5€ | 6,6€ |
| Alícuota plasma | 0,0€ | 4,6€ | 6,7€ |
| Pellet CMSP | 0,0€ | 3,8€ | 6,3€ |
| Sangre periérica completa criopreservada* | 0,0€ | 3,2€ | 5,8€ |
| Tejido fijado-punch | 0,0€ | 2,1€ | 3,3€ |
| Tejido fijado-corte en tubo (1er corte) | 0,0€ | 2,2€ | 3,3€ |
| Tejido fijado-corte en tubo (cortes adicionales) | 0,0€ | 0,6€ | 0,8€ |
| Tejido fijado-corte porta (1er corte) | 0,0€ | 2,8€ | 4,0€ |
| Tejido fijado-corte porta (cortes adicionales) | 0,0€ | 0,7€ | 0,9€ |
| Tejido fijado-corte porta IHQ | 0,0€ | 3,1€ | 4,5€ |
| Tejido criopreservado-corte porta (1er corte) | 0,0€ | 2,6€ | 4,3€ |
| Tejido criopreservado-corte porta (cortes adicionales) | 0,0€ | 0,8€ | 1,1€ |
| Tejido criopreservado-corte en tubo (1er corte) | 0,0€ | 2,4€ | 4,3€ |
| Tejido criopreservado-corte en tubo (cortes adicionales) | 0,0€ | 0,8€ | 1,0€ |
| Tejido criopreservado-fragmento RNA later | 0,0€ | 4,7€ | 7,3€ |
| Otros fluidos (LCR, lavado nasal 500 uL-1mL) | 0,0€ | 3,4€ | 6,0€ |
| Heces criopreservadas en RNA later (500 uL) | 0,0€ | 4,2€ | 6,7€ |
| ADN de sangre periférica (1 ug) | 0,0€ | 4,9€ | 7,8€ |
| ADN de tejido fijado o criopreservado (1 ug) | 0,0€ | 4,3€ | 6,9€ |
| ARN de sangre periférica (1 ug) | 0,0€ | 4,9€ | 7,8€ |
| ARN de tejido fijado o criopreservado (1 ug) | 0,0€ | 5,2€ | 8,2€ |
| Custodia de material biológico (1 año): | |||
| Caja 81 tubos: | 14,5€ | 18,6€ | 27,9€ |
| Caja 96 tubos: | 13,0€ | 15,5€ | 23,2€ |
| Procesamiento de muestras para proyectos o ensayos clínicos | Consultar | ||
Descripción Tarifas:
- Tarifa A: Personal investigador perteneciente a ISABIAL
- Tarifa B: Personal investigador externo a ISABIAL con financiación pública
- Tarifa C: Personal investigador externo a ISABIAL con financiación privada
Contacto
Ubicación
Planta 4ª, Centro de Diagnóstico (Edificio gris)
Hospital General Universitario Dr. Balmis
Avda Pintor Baeza, 12, 03010 Alicante
Horario
De lunes a viernes
9:00 a 14:30 h
